يتمثل الهدف من تعقيم إمدادات المياه العامة في القضاء على مسببات الأمراض التي تسبب الأمراض المنقولة بالمياه. وبالإضافة إلى مسببات الأمراض المحتملة، قد تحتوي المياه الخام أيضًا على ملوثات قد تعيق عملية التعقيم. وتشمل هذه الملوثات الجزيئات غير العضوية والعضوية، والجسيمات، والكائنات الحية الأخرى، مثل اللافقاريات.
يهدف تطهير مياه الشرب إلى الوقاية من الإصابة بالأمراض المعدية المعوية. ومن طرق التطهير الشائعة استخدام كلوريد سائل، أي هيبوكلوريت الصوديوم. ولا يقتصر دور المعالجة بالكلور على المساعدة في منع انتشار عدوى بكتيريا الإشريكية القولونية فحسب، بل إنه قادر أيضًا على القضاء على البكتيريا والطحالب والعفن التي قد تنمو على جدران نظام تخزين المياه.
يُعد كلوريد الألومنيوم المتعدد (PAC) المُخثِّر الأكثر استخدامًا في معالجة مياه الشرب, ، مما قد يؤدي إلى تكوّن الكتل الترسبية وترسبها بسرعة، كما أن الكتل الترسبية المتكونة يسهل ترشيحها.
المؤشر المباشر لتقييم فعالية تطهير مياه الصنبور هو العدد الإجمالي للبكتيريا ومجموعة الكوليفورم الإجمالية، أما المؤشر غير المباشر فهو العكارة والكلور المتبقي.